[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]
[Getfem-commits] (no subject)
|
From: |
Konstantinos Poulios |
|
Subject: |
[Getfem-commits] (no subject) |
|
Date: |
Sun, 2 Dec 2018 15:05:36 -0500 (EST) |
branch: master
commit 18bcf868d5029b9899cf82776915b296fe7b1d48
Author: Konstantinos Poulios <address@hidden>
Date: Sun Dec 2 21:05:25 2018 +0100
Add initial support for gmsh mesh format version 4
---
src/getfem_import.cc | 460 ++++++++++++++++++++++++++-------------------------
1 file changed, 239 insertions(+), 221 deletions(-)
diff --git a/src/getfem_import.cc b/src/getfem_import.cc
index 12800a9..7b04ee8 100644
--- a/src/getfem_import.cc
+++ b/src/getfem_import.cc
@@ -258,251 +258,269 @@ namespace getfem {
/* read the region names */
if (region_map != NULL) {
- if (version == 2) {
+ if (version >= 2) {
*region_map = read_region_names_from_gmsh_mesh_file(f);
}
}
/* read the node list */
- if (version == 2)
- bgeot::read_until(f, "$Nodes"); /* Format version 2 */
+ if (version >= 2)
+ bgeot::read_until(f, "$Nodes"); /* Format versions 2 and 4 */
+
+ size_type nb_block, nb_node, dummy;
+ if (version >= 4)
+ f >> nb_block >> nb_node;
+ else {
+ nb_block = 1;
+ f >> nb_node;
+ }
- size_type nb_node;
- f >> nb_node;
//cerr << "reading nodes..[nb=" << nb_node << "]\n";
std::map<size_type, size_type> msh_node_2_getfem_node;
- for (size_type node_cnt=0; node_cnt < nb_node; ++node_cnt) {
- size_type node_id;
- base_node n(3); n[0]=n[1]=n[2]=0.0;
- f >> node_id >> n[0] >> n[1] >> n[2];
- msh_node_2_getfem_node[node_id]
- = m.add_point(n, remove_duplicated_nodes ? 0. : -1.);
+ for (size_type block=0; block < nb_block; ++block) {
+ if (version >= 4)
+ f >> dummy >> dummy >> dummy >> nb_node;
+ for (size_type node_cnt=0; node_cnt < nb_node; ++node_cnt) {
+ size_type node_id;
+ base_node n{0,0,0};
+ f >> node_id >> n[0] >> n[1] >> n[2];
+ msh_node_2_getfem_node[node_id]
+ = m.add_point(n, remove_duplicated_nodes ? 0. : -1.);
+ }
}
- if (version == 2)
- bgeot::read_until(f, "$Endnodes"); /* Format version 2 */
+ if (version >= 2)
+ bgeot::read_until(f, "$Endnodes"); /* Format versions 2 and 4 */
else
bgeot::read_until(f, "$ENDNOD");
/* read the convexes */
- if (version == 2)
- bgeot::read_until(f, "$Elements"); /* Format version 2 */
+ if (version >= 2)
+ bgeot::read_until(f, "$Elements"); /* Format versions 2 and 4 */
else
bgeot::read_until(f, "$ELM");
size_type nb_cv;
- f >> nb_cv;
+ if (version >= 4) /* Format version 4 */
+ f >> nb_block >> nb_cv;
+ else {
+ nb_block = 1;
+ f >> nb_cv;
+ }
std::vector<gmsh_cv_info> cvlst; cvlst.reserve(nb_cv);
- for (size_type cv=0; cv < nb_cv; ++cv) {
- unsigned id, type, region;
- unsigned dummy, cv_nb_nodes;
-
- if (version == 2) { /* Format version 2 */
- unsigned nbtags, mesh_part;
- f >> id >> type >> nbtags;
- if (nbtags == 0 || nbtags > 3)
- GMM_ASSERT1(false, "Number of tags " << nbtags
- << " is not managed.");
-
- f >> region;
- if (nbtags > 1) f >> dummy;
- if (nbtags > 2) f >> mesh_part;
- }
- else
- f >> id >> type >> region >> dummy >> cv_nb_nodes;
+ for (size_type block=0; block < nb_block; ++block) {
+ unsigned type, region;
+ if (version >= 4) /* Format version 4 */
+ f >> region >> dummy >> type >> nb_cv;
- id--; /* gmsh numbering starts at 1 */
+ for (size_type cv=0; cv < nb_cv; ++cv) {
- cvlst.push_back(gmsh_cv_info());
- gmsh_cv_info &ci = cvlst.back();
- ci.id = id; ci.type = type; ci.region = region;
+ cvlst.push_back(gmsh_cv_info());
+ gmsh_cv_info &ci = cvlst.back();
+ f >> ci.id;
+ ci.id--; /* gmsh numbering starts at 1 */
+
+ unsigned cv_nb_nodes;
+ if (version >= 2) { /* For versions 2 and 4 */
+ if (version == 2) { /* Format version 2 */
+ unsigned nbtags;
+ f >> type >> nbtags;
+ GMM_ASSERT1(nbtags > 0 && nbtags <= 3,
+ "Number of tags " << nbtags << " is not managed.");
+ f >> region;
+ if (nbtags > 1) f >> dummy;
+ if (nbtags > 2) f >> dummy;
+ }
+ ci.type = type;
+ ci.set_nb_nodes();
+ cv_nb_nodes = unsigned(ci.nodes.size());
+ } else if (version == 1) {
+ f >> type >> region >> dummy >> cv_nb_nodes;
+ ci.type = type;
+ ci.nodes.resize(cv_nb_nodes);
+ }
+ ci.region = region;
+ // cout << "cv_nb_nodes = " << cv_nb_nodes << endl;
- if (version == 2) { /* For version 2 */
- ci.set_nb_nodes();
- cv_nb_nodes = unsigned(ci.nodes.size());
- }
- else
- ci.nodes.resize(cv_nb_nodes);
-
- // cout << "cv_nb_nodes = " << cv_nb_nodes << endl;
-
- for (size_type i=0; i < cv_nb_nodes; ++i) {
- size_type j;
- f >> j;
- std::map<size_type, size_type>::iterator
- it = msh_node_2_getfem_node.find(j);
- GMM_ASSERT1(it != msh_node_2_getfem_node.end(),
- "Invalid node ID " << j << " in gmsh element "
- << (ci.id + 1));
- ci.nodes[i] = it->second;
- }
- if(ci.type != 15) ci.set_pgt();
- // Reordering nodes for certain elements (should be completed ?)
- // http://www.geuz.org/gmsh/doc/texinfo/gmsh.html#Node-ordering
- std::vector<size_type> tmp_nodes(ci.nodes);
- switch(ci.type) {
- case 3 : {
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 5 : { /* First order hexaedron */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- //ci.nodes[1] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[2];
- //ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
- //ci.nodes[5] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[6];
- } break;
- case 7 : { /* first order pyramid */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- // ci.nodes[3] = tmp_nodes[3];
- // ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
- } break;
- case 8 : { /* Second order line */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- } break;
- case 9 : { /* Second order triangle */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[5];
- //ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 10 : { /* Second order quadrangle */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[8];
- //ci.nodes[5] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[6];
- ci.nodes[8] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 11: { /* Second order tetrahedron */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[6];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[9];
- //ci.nodes[8] = tmp_nodes[8];
- ci.nodes[9] = tmp_nodes[3];
- } break;
- case 12: { /* Second order hexahedron */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[8];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[9];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[20];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[11];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[13];
- ci.nodes[8] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[9] = tmp_nodes[10];
- ci.nodes[10] = tmp_nodes[21];
- ci.nodes[11] = tmp_nodes[12];
- ci.nodes[12] = tmp_nodes[22];
- ci.nodes[13] = tmp_nodes[26];
- ci.nodes[14] = tmp_nodes[23];
- //ci.nodes[15] = tmp_nodes[15];
- ci.nodes[16] = tmp_nodes[24];
- ci.nodes[17] = tmp_nodes[14];
- ci.nodes[18] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[19] = tmp_nodes[16];
- ci.nodes[20] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[21] = tmp_nodes[17];
- ci.nodes[22] = tmp_nodes[25];
- ci.nodes[23] = tmp_nodes[18];
- ci.nodes[24] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[25] = tmp_nodes[19];
- ci.nodes[26] = tmp_nodes[6];
- } break;
- case 16 : { /* Incomplete second order quadrangle */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[6];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 17: { /* Incomplete second order hexahedron */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[8];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[9];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[11];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[13];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[8] = tmp_nodes[10];
- ci.nodes[9] = tmp_nodes[12];
- ci.nodes[10] = tmp_nodes[15];
- ci.nodes[11] = tmp_nodes[14];
- ci.nodes[12] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[13] = tmp_nodes[16];
- ci.nodes[14] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[15] = tmp_nodes[17];
- ci.nodes[16] = tmp_nodes[18];
- ci.nodes[17] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[18] = tmp_nodes[19];
- ci.nodes[19] = tmp_nodes[6];
- } break;
- case 26 : { /* Third order line */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[1];
- } break;
- case 21 : { /* Third order triangle */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[8];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[9];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[5];
- //ci.nodes[7] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[8] = tmp_nodes[6];
- ci.nodes[9] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 23: { /* Fourth order triangle */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[5];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[1];
- ci.nodes[5] = tmp_nodes[11];
- ci.nodes[6] = tmp_nodes[12];
- ci.nodes[7] = tmp_nodes[13];
- ci.nodes[8] = tmp_nodes[6];
- ci.nodes[9] = tmp_nodes[10];
- ci.nodes[10] = tmp_nodes[14];
- ci.nodes[11] = tmp_nodes[7];
- ci.nodes[12] = tmp_nodes[9];
- ci.nodes[13] = tmp_nodes[8];
- ci.nodes[14] = tmp_nodes[2];
- } break;
- case 27: { /* Fourth order line */
- //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
- ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
- ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
- ci.nodes[3] = tmp_nodes[4];
- ci.nodes[4] = tmp_nodes[1];
- } break;
+ for (size_type i=0; i < cv_nb_nodes; ++i) {
+ size_type j;
+ f >> j;
+ const auto it = msh_node_2_getfem_node.find(j);
+ GMM_ASSERT1(it != msh_node_2_getfem_node.end(),
+ "Invalid node ID " << j << " in gmsh element "
+ << (ci.id + 1));
+ ci.nodes[i] = it->second;
+ }
+ if (ci.type != 15)
+ ci.set_pgt();
+ // Reordering nodes for certain elements (should be completed ?)
+ // http://www.geuz.org/gmsh/doc/texinfo/gmsh.html#Node-ordering
+ std::vector<size_type> tmp_nodes(ci.nodes);
+ switch(ci.type) {
+ case 3 : {
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 5 : { /* First order hexaedron */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ //ci.nodes[1] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[2];
+ //ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
+ //ci.nodes[5] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[6];
+ } break;
+ case 7 : { /* first order pyramid */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ // ci.nodes[3] = tmp_nodes[3];
+ // ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
+ } break;
+ case 8 : { /* Second order line */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ } break;
+ case 9 : { /* Second order triangle */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[5];
+ //ci.nodes[4] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 10 : { /* Second order quadrangle */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[8];
+ //ci.nodes[5] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[6];
+ ci.nodes[8] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 11: { /* Second order tetrahedron */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[6];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[9];
+ //ci.nodes[8] = tmp_nodes[8];
+ ci.nodes[9] = tmp_nodes[3];
+ } break;
+ case 12: { /* Second order hexahedron */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[8];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[9];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[20];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[11];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[13];
+ ci.nodes[8] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[9] = tmp_nodes[10];
+ ci.nodes[10] = tmp_nodes[21];
+ ci.nodes[11] = tmp_nodes[12];
+ ci.nodes[12] = tmp_nodes[22];
+ ci.nodes[13] = tmp_nodes[26];
+ ci.nodes[14] = tmp_nodes[23];
+ //ci.nodes[15] = tmp_nodes[15];
+ ci.nodes[16] = tmp_nodes[24];
+ ci.nodes[17] = tmp_nodes[14];
+ ci.nodes[18] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[19] = tmp_nodes[16];
+ ci.nodes[20] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[21] = tmp_nodes[17];
+ ci.nodes[22] = tmp_nodes[25];
+ ci.nodes[23] = tmp_nodes[18];
+ ci.nodes[24] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[25] = tmp_nodes[19];
+ ci.nodes[26] = tmp_nodes[6];
+ } break;
+ case 16 : { /* Incomplete second order quadrangle */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[6];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 17: { /* Incomplete second order hexahedron */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[8];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[9];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[11];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[13];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[8] = tmp_nodes[10];
+ ci.nodes[9] = tmp_nodes[12];
+ ci.nodes[10] = tmp_nodes[15];
+ ci.nodes[11] = tmp_nodes[14];
+ ci.nodes[12] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[13] = tmp_nodes[16];
+ ci.nodes[14] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[15] = tmp_nodes[17];
+ ci.nodes[16] = tmp_nodes[18];
+ ci.nodes[17] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[18] = tmp_nodes[19];
+ ci.nodes[19] = tmp_nodes[6];
+ } break;
+ case 26 : { /* Third order line */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[1];
+ } break;
+ case 21 : { /* Third order triangle */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[8];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[9];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[5];
+ //ci.nodes[7] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[8] = tmp_nodes[6];
+ ci.nodes[9] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 23: { /* Fourth order triangle */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[5];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[1];
+ ci.nodes[5] = tmp_nodes[11];
+ ci.nodes[6] = tmp_nodes[12];
+ ci.nodes[7] = tmp_nodes[13];
+ ci.nodes[8] = tmp_nodes[6];
+ ci.nodes[9] = tmp_nodes[10];
+ ci.nodes[10] = tmp_nodes[14];
+ ci.nodes[11] = tmp_nodes[7];
+ ci.nodes[12] = tmp_nodes[9];
+ ci.nodes[13] = tmp_nodes[8];
+ ci.nodes[14] = tmp_nodes[2];
+ } break;
+ case 27: { /* Fourth order line */
+ //ci.nodes[0] = tmp_nodes[0];
+ ci.nodes[1] = tmp_nodes[2];
+ ci.nodes[2] = tmp_nodes[3];
+ ci.nodes[3] = tmp_nodes[4];
+ ci.nodes[4] = tmp_nodes[1];
+ } break;
+ }
}
}
+
nb_cv = cvlst.size();
if (cvlst.size()) {
std::sort(cvlst.begin(), cvlst.end());