[Espressomd-maintainer] [espresso] PartikelTemperature (#13)

[Georg Rempfer]

Hallo Olaf,

wie am Montag beschlossen das feature zum setzen der Temperatur einzelner 
Teilchen. Code entspricht im wesentlichen der girlsday Implementation. Stefan 
hat noch einen Teil hinzugefügt, so dass man auch den Reibungskoeffizient 
setzen kann und ich habe das in den aktuellen master eingebaut und etwas 
aufgehübscht (sinnvollere Funktionsnamen, etc).

Außerdem habe ich einen relativ ausführlichen performance test durchgeführt. Da 
dieser ergab, dass für Teilchenzahlen zwischen 10 und 1000 lediglich eine 
Verlangsamung von (0,8+/-1,7)% ergibt habe ich den compiler switch am ende 
entfernt.

Im users guide ist das feature sauber dokumentiert mit Verweis auf den Langevin 
Thermostaten und der Warnung, dass es ausschließlich mit diesem funktioniert.

Auch habe ich die Demonstrationsskripte angepasst, so dass sie mit dieser 
Version funktionieren. Ich war mir unsicher ob ich diese gitten sollte und habe 
es gelassen.

Gruß,
Georg

You can merge this Pull Request by running:

  git pull https://github.com/rempferg/espresso temperature_per_particle

Or you can view, comment on it, or merge it online at:

  https://github.com/espressomd/espresso/pull/13

-- Commit Summary --

* Started development of a test script for the constraint type rhomboid. 
Simulation works. Missing: check of results and caller interface.
* Stefan took and old hack of mine that allowed to scale the temperature per 
particle and generalized it so that one can set an arbitrary temperature and 
frictional coefficient for the langevin integrator for every particle. I then 
took this code, cleaned it up, made it switchable by a compiler switch 
TEMPERATURE_PER_PARTICLE and inserted it into a copy of the current master. 
Also made sure all demonstration scripts work with this version. To come: 
performance tests to decide whether to make this feature switchable or 
permanently on; documentation.
* Readded accidentaly overwritten code segment for virtual sites in 
'particle_data.h'
* Initialize particles with invalid T and gamma. Langevin integrator decides, 
based on this information, whether to take the global thermostat parameters or 
the particle specific ones for thermalization.
* Deleted compiler switch 'TEMPERATURE_PER_PARTICLE' after thorough 
investigation of the performance impact of the feature. The result was that for 
10-1000 ideal gas particles, the slowdown is (0.8+/-1.7)%.
* Documented the new feature 'part pid temp T gamma g' in the users guide and 
cross referenced the documentation on the 'part' command with the section on 
the Langevin thermostat.

-- File Changes --

M doc/ug/introduction.tex (2)
M doc/ug/part.tex (4)
M doc/ug/setup.tex (4)
M src/communication.c (64)
M src/communication.h (6)
M src/particle_data.c (92)
M src/particle_data.h (17)
M src/thermostat.h (13)

-- Patch Links --

  https://github.com/espressomd/espresso/pull/13.patch
  https://github.com/espressomd/espresso/pull/13.diff

--- 
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https://github.com/espressomd/espresso/pull/13