Ahora estoy, finalmente en la mac.
Supongo que en macOS 10.12 aún se puede usar Lilypond de 32 bits (hay una versión "no-oficial" de 64 bits para versiones más nuevas de macOS). Presuponiendo que Lilypond está instalado en /Applications/LilyPond.app/, lo que hay que hacer para que los binarios de lilypond sean "visibles" desde todo el sistema (incluido Abjad en Python) es incluir en el PATH la ruta de tales binarios, es decir '/Applications/LilyPond.app/Contents/Resources/bin/'. Ignoro si en la terminal estás usando bash (que fue abandonado por Apple) o zsh, que es hace tiempo ya el intérprete de comandos por omisión en macOS. De ser éste, lo que debe hacerse es incluir '/Applications/LilyPond.app/Contents/Resources/bin/lilypond' en el archivo /etc/paths, editándolo como superusuario y reiniciando el sistema. De ser bash el intérprete de comandos, la misma línea (si mal no recuerdo) debe incluirse en un archivo .profile (recuerdo también que en la página de lilypond hay un apartado acerca de cómo instalar lilypond en mac OS y en él se indica cómo incluir (con bash como intérprete) una ruta en el PATH).
Con los binarios de lilypond en el PATH podrás llamarlo desde cualquier lado sin problemas.