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Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA
From: |
Douglas Milanez |
Subject: |
Re: [shell-script] usando shell em sequencias de DNA |
Date: |
Sun, 14 Mar 2010 18:33:26 -0300 |
Graciela, como vai o mestrado no LNCC?
Pretendo fazer o mesmo!
O bom é que já fica um contato... :D
Segue um script:
--------Início Script:-------------
#!/bin/bash
for linha in $(cat $1)
do
if [ $(echo $linha | grep '>') ]
then
valor=1
continue
fi
if [ $valor -eq 1 ]
then
echo $linha | cut -c 1-3
valor=0
continue
fi
done
-------------Fim Script ---------------------
Aplicação:
$./script.sh /path/file
onde /path/file é o caminho do arquivo que contém as sequências de DNA.
Espero ter ajudado. Qualquer duvida, é só falar!
PS. Gostaria de manter contato! ;)
--
[]´s,
Douglas Milanez.
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