Sei que pediu ajuda em sed, mas talvez o awk possa dar uma opção a mais para formatar, e o sed dar um arremate final.
No código abaixo pode estipular quanto registros inserir por linha alterando "i%5" ( no caso 5 registros ), por
"i%3" caso queira que seja 3 registros por linha:
$ awk -F '[)],[(]' '{ for (i=1;i<=NF;i++) printf $i (i%5==0?");\nINSERT INTO '\''TABLE'\'' VALUES (":"),(") }' arquivo.sql | sed 's/),($//;s/););/);/;/($/d;$s/$/\n/'
[]'s
Itamar