Substituição com expressão regular

[Mauro]

Boa tarde senhores.

Tenho alguns arquivos que tenho que alterar partes deles seguindo um padrão mas 
não estou conseguindo encontrar um caminho por ser algo un tanto quanto 
específico.

Um exemplo é o seguinte.

Original: [1]
Alterado: [1]_

Mas o conteúdo de dentro dos colchetes pode alterar, tanto o caracter como a 
quantidade de caracteres ([2] ou [35]). E ainda há outras padrões como:

Original: (fonte 2)
Alterado: ??(fonte 2)??

Encontrar o padrões não é o problema. A dificuldade é manter o "meio" intacto e 
mudar o resto.

Eu estou usando um editor de textos gráfico, o Geany para ser mais específico, 
mas se postarem exemplos ou dicas com sed eu me viro para adaptar.

[ ]'s
Mauro Baraldi