Esses exemplos não se aplicam pois não são nomes próprios:
"Eu estava inicialmente pensando em propor "Fundação Software Livre",
mas depois fiquei pensando em outros exemplos estranhos como:
* National Security Agency: "Agência Segurança Nacional";
* Envirnmental Protection Agency: "Agência Proteção Ambiental".
"
Nestes casos é como se existisse agências chamadas: "Segurança Nacional" ou "Proteção Ambiental". Enquanto que no caso nosso há uma Fundação que se chama "Software Livre".
Por outro lado, como também já comentaram, acho que também poderia se traduzida como Fundação para o Software Livre.
), também se referindo ao nome da associação como "Software Livre".